Ổ USB có thể gây ra các mối đe dọa bảo mật nghiêm trọng thông qua phần mềm độc hại. Người dùng được khuyên tránh sử dụng các thiết bị USB không rõ nguồn gốc và kiểm tra chúng trên một máy tính khác ngoại tuyến. Ngoài ra cần đề phòng các phần mềm gián điệp và mã độc tống tiền có khả năng gây hại cho dữ liệu trên máy tính.
